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支原體污染細胞后，有必要清除支原體，常用方法有：
1、對于非重要的細胞，如培養(yǎng)中的細胞、WCB的細胞等，將培養(yǎng)物與用過的培養(yǎng)基滅活后丟棄即可。對于較為重要的細胞，如來源珍貴或實驗室中細胞保藏量較小等可以采用以下（2）-（8）的方法。
2、用MRA處理：用支原體清除劑（Mycoplasma Removal Agent）處理細胞，作用濃度為 25μg/ml，兩周可以清除支原體。
3、用清洗純化法清除支原體污染的方法：細胞營養(yǎng)馴化→優(yōu)質細胞群的篩選→細胞清洗→反復離心洗滌，其原理是利用離心力、細胞、微生物質量和懸液的浮力差達到清除支原體的目的。由于支原體個體小且除發(fā)酵支原體外多為細胞外寄生,所以通過反復洗滌細胞和低速離心換液使其中潛在的支原體數(shù)量降低至ji 限. 如結合敏感抗生素的抑殺作用，可達到更好的效果。
4、藥物輔助加溫處理：先用藥物處理后，再將污染的組織培養(yǎng)物放在41℃培養(yǎng)18小時，可殺死支原體，但對細胞有不良影響。
5、使用支原體特異性血清：用5%的兔支原體免疫血清可去除支原體污染，因特異抗體可抑制支原體生長，故經(jīng)抗血清處理后11天即轉為陰性，并且5個月后仍為陰性。
6、動物體內(nèi)接種除菌法：把受支原體污染的腫瘤細胞接種在同種動物皮下或腹腔中，借動物免疫系統(tǒng)消滅支原體，而腫瘤細胞卻能在體內(nèi)繼續(xù)生長，待一定時間后，從體內(nèi)取出細胞再進行培養(yǎng)繁殖。
7、巨噬細胞吞噬法：從動物腹腔采取巨噬細胞，為排除其它細胞成分，可先進行純化，然后再加入被支原體污染的細胞培養(yǎng)液中混合培養(yǎng)。在培養(yǎng)過程中，為檢查支原體是否已被消除干凈，可利用支持物培養(yǎng)法驗證，取出支持物逐日染色、鏡檢觀察，至支原體已被消除干凈為止。
8、使用支原體清除培養(yǎng)基，每2~3天更換1次新鮮培養(yǎng)液，換液時用無菌的平衡鹽溶液洗滌細胞1~2次；期間如果細胞密度過大，請保持細胞密度適當（貼壁細胞可能需要用胰酶消化），并更換新的培養(yǎng)器皿，3天之后，即可見明顯清除效果；處理15天后，可以用支原體檢測試劑盒進行檢測，檢測支原體是否殺滅*；如果仍有支原體殘留，可以考慮再處理6天；為避免細胞再次受到“支原體"的污染，以后每隔1個月進行支原體的常規(guī)檢測，以保證沒有新的支原體污染。
注：支原體污染時細胞表現(xiàn)為長得不好，也不死亡，同時，培養(yǎng)基又是清亮的，時間長達一周也沒有什么變化，這時基本上可以判斷出是支原體污染了。
